财政部对现行《医院会计制度》进行了全面修订，征求意见稿在2009年8月正式出台。征求意见稿在很多方面实现重大突破，同时存在局限性细节问题。
一、医院会计制度存在问题
第一，会计科目设置不足。
(1)会计科目未设立“短期投资”、“应付票据”。
(2)未规定计提资产减值准备。因医院在经营过程中所购置的各种物资(库存物资、药品、固定资产)均按历史成本计价，随市场价格而波动，各种物资存放在医院的减值风险增大。由于医疗行业的特殊性，完全实行“零库存”不现实，而不计提资产减值准备既不符合核算为管理服务的要求，也不符合会计核算谨慎性的原则。
第二，部分科目核算方法定义不合理，实务操作中存在困惑。
(1)库存物资中高值耗材的定义不明确。为了加强对高值耗材的管理，新制度要求对高值耗材专设二级科目核算，但如何对高值耗材定义并未明确规定。
(2)年末计提坏账准备不合理。新制度规定医院应当定期或至少于每年年度终了，对预计可能产生的坏账损失计提坏账准备。如在年末计提坏账准备，会造成年末当月管理费用增大，不能真实反映每月的费用支出情况。
(3)应收在院病人医疗款核算问题。大部分医院采用信息化管理系统来管理在院病人发生的各项费用，住院收费管理系统中已有每个在院病人的医疗费用情况。从理论上讲，给在院病人医疗款核算奠定了基础。但如果财务部门对具体每个在院病人设置明细账核算，势必造成财务人员工作量加大。实际上医院的财务部门只需对在院病人费用实行总额控制，定期核对即可。
(4)固定资产定义标准不完善。从医院的资产管理情况看，大部分医院对价值低于固定资产定义标准但使用超过一年的设备并未进行有效管理，如小型空调、冰箱、微波炉等。
(5)部分会计科目容易造成混淆。财会模拟实验室设备“基建工程”和“在建工程”的定义：制度征求稿中，区分基建工程和在建工程中建筑工程的依据为资金来源是否为“基本建设项目资金”，该种依据区分资产类别的方法认为资产类别与资金来源存在必然联系。而实际上医院的建设项目资金来源由多种途径取得，如专项拨款、流动资金、借款等。如按此区分，不仅限制资金管理和合理使用，也可能导致科目混淆；“其他业务收人”和“其他收入”的定义：制度采用列举法区分两者的定义，而在实务操作中，该方法区分易造成混淆和遗漏。制度规定对接受的捐赠全部纳入“其他收入”科目进行核算，但对于指定用途的捐赠具体处理办法尚未明确；“待处理财产损溢”科目的定义中包括固定资产的毁损，与“固定资产清理”科目定义矛盾；另外“其他应收款”科目定义中的“暂付款项”与“预付账款”科目定义也不易明确区分。
第三，部分业务事项处理不合理。
(1)对于“基建拨款”和限制性捐赠作为收入类项目，期末将该类科目的贷方余额转入“本期盈余”不合理。因为该类盈余并非医院的经营性补助收入或经营性收入，而是国家投入或限制性捐赠的资本。这样会导致盈余虚增，不能真实反映其损益情况。
(2)预算信息业务核算不规范。制度征求稿规定医院应当设置预算会计科目，按照与预算一致的基础和口径，与财务会计科目平行登记的处理方法，记录预算执行信息。但这样处理违反《会计法》有关规定，原因在于该处理并无原始凭证作附件，实务操作中增大了会计处理工作量。
第四，财会模拟实验室设备会计报表体系内容不足。
医疗收入费用明细表反映医疗成本项目较笼统，无具体明细列示，不利于医院管理层从会计报表中掌握更多财务信息。且表中“无形资产摊销费”按新制度规定应记入“管理费用”科目中而不应在此表医疗成本中反映；另外对医院主体及所属分支机构会计报表合并事宜未做出规范；对特殊项目如债务重组、会计政策和会计估计变更、医院的合并与分立、资产负债表日后事项等会计账务处理也未做出规定。
